Monfragüe se configura cómo uno de los espacios más característicos y mejor conservados del ecosistema de bosque esclerófilo perennifolio mediterráneo. Aquí coexisten y se interrelacionan especies florísticas y faunísticas de especial interés, debido a la escaseza de sus poblaciones, constituyéndose en algunos casos cómo uno de los últimos refugios para su supervivencia.La flora y vegetación de Monfragüe están condicionadas por los dos factores físicos más importantes para las plantas: el clima y el suelo. El clima es de tipo mediterráneo, tanto por su altitud y precipitaciones cómo por su termocidad (altitud moderada y temperaturas templadas, además de precipitaciones en otoño y finales de invierno-primavera, con fuertes sequías en los meses estivales). Los suelos están constituidos por tierras pardas silíceas, caracterizadas por su pobreza y fragilidad ante la erosión.
Las especies vegetales autóctonas de porte arbóreo están formadas por árboles esclerófilos (Quercus rotundifolia), alcornoques 
(Quercus suber) y quejigos (Quercus 
faginea), entre los más importantes.El material o monte bajo está compuesto por arbustos de hoja perenne, también de ámbito mediterráneo.
Hay señalar que la topografía del territorio establece diferencias microclimáticas: 
de manera que en la solana predominan plantas termófilas cómo el acebuche (Olea europaea sylvestris) cuyo fruto, una pequeña aceituna, juega un importante papel en la alimentación de peque
ñas aves, y otros animales durante el invierno, la charnec
a (Pistacea lentiscus);
de manera que en la solana predominan plantas termófilas cómo el acebuche (Olea europaea sylvestris) cuyo fruto, una pequeña aceituna, juega un importante papel en la alimentación de peque
ñas aves, y otros animales durante el invierno, la charnec
a (Pistacea lentiscus); y el mirto (Mirtus communis) de hojas verdes que desprenden un agradable olor a limón.
Mientras que, en la umbría se establece mejor el madroño (Arbutus unedo) 
cuyo fruto, una baya de color rojo, puede contener hasta un 0,5% de alcohol, por lo que si se come en grandes cantidades puede producir síntomas de mareo o emborrachamiento , el durillo (Viburnum tinus) 
cuyos frutos maduran a finales de verano o en otoño, conservándose largo tiempo sobre la planta. Éstos son de un color azul metálico bastante llamativo, que no son comestibles, produciendo inflamación de los labios y la boca ;y la cornicabra (Pistacea terebinthus) 
arbusto de hoja caduca de hasta 5 metros de altura.
En los roqueados de cumbres, cómo consecuencia de la falta de suelo, aparecen encinas (Q
uercus rotundifolia)
cuya principal aplicación es como alimento para el ganado porcino acompañadas del enebro (Juniperus communis) ,que contiene el fruto para la fabricación de la ginebra.
cuyo fruto, una baya de color rojo, puede contener hasta un 0,5% de alcohol, por lo que si se come en grandes cantidades puede producir síntomas de mareo o emborrachamiento , el durillo (Viburnum tinus) 
cuyos frutos maduran a finales de verano o en otoño, conservándose largo tiempo sobre la planta. Éstos son de un color azul metálico bastante llamativo, que no son comestibles, produciendo inflamación de los labios y la boca ;y la cornicabra (Pistacea terebinthus) 
arbusto de hoja caduca de hasta 5 metros de altura.En los roqueados de cumbres, cómo consecuencia de la falta de suelo, aparecen encinas (Q
uercus rotundifolia)
cuya principal aplicación es como alimento para el ganado porcino acompañadas del enebro (Juniperus communis) ,que contiene el fruto para la fabricación de la ginebra.
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